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基因组重测序
低深度重测序
低深度重测序
简要概述
全隔代遗传人类染色体组组低高度重测序(Low coverage WGS,LcWGS)指的是利用较低高度(~1×)的重测序统计资料源实施隔代隔代遗传进化分几型,后续完成隔代遗传人类染色体组型安置,将低孔隙率统计资料源安置为高孔隙率隔代遗传人类染色体组型统计资料源。LcWGS 不能不体系开发设计,测序投资成本高,都可以更改全隔代遗传人类染色体组组隔代隔代遗传进化,更有益于大总量样板的相对性状固定及 GS 生物育种采用。
应用场景
01. 性状定位
动植物全基因组关联分析
02. 遗传评估
动植物全基因组选择育种
技术优势
  • 变异信息
    丰富
    可得到 全人类基因组的遗传病基因变异
  • 高性价比
    以越来越低的测序成本费用低,赚取高硬度的记号,查重速率高
  • 大群体
    样本检测
    用以于大团体的染色体型验测及探讨
  • 分型
    准确性高
    通过填冲算法流程图,基因分型精准率大约98%
技术流程
优秀案例
低深度重测序--猪胴体分割性状及形态性状的遗传解析与基因组预测
本研究测定了长白、大白、长大二元以及杜长大三元猪4个群体的2,012头猪的17个分割肉性状和14个胴体性状。使用单倍型GWAS分析和基于基因型填充数据的GWAS分析分别鉴定到14个和112个与胴体分割性状极显著相关的QTLs。利用“中芯一号”芯片检测数据和基因型填充数据对这四个不同群体的分割肉性状和胴体性状进行全基因组选择研究。比较不同基因型数据、不同群体、以及不同预测模型对基因组预测准确性的影响。
图1 GWAS相对性状分析及GS最后有点
参考文献
Xie, L., Qin, J., Rao, L., Cui, D., Tang, X., Chen, L., Xiao, S., Zhang, Z., & Huang, L. (2023). Genetic dissection and genomic prediction for pork cuts and carcass morphology traits in pig. Journal of animal science and biotechnology, 14(1), 116.
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